USB Safeguard es una aplicación de seguridad gratuita y portable para usuarios de Windows que deseen encriptar los datos que almacenan en una memoria Usb (Pendrive). Este programa no requiere instalación, para usarlo solo hay que copiarlo en el pendrive y ejecutarlo, el programa pedira la primera vez una contraseña con la cual tendra accesso para encriptar o desencriptar los archivos.

Una vez ejecutado el programa simplemente se arrastra los archivos a proteger a la ventana del programa y se presiona el boton Encriptar. Se puede encriptar todo el contenido del Pendrive o seleccionar individualmente los archivos, al encriptarlo puedes mantener el original o borrarlo para que solo este encriptado, Descargalo aqui:

http://usbsafeguard.altervista.org/usbsafeguard.exe

Fuente: http://www.mydigitallife.info/2010/05/01/download-free-usb-safeguard-to-encrypt-and-protect-confidential-data-stored-in-flash-drives/